Органов пищеварения, опорно-двигательного аппарата, сердечно-сосудистой системы, нервной системы, кожного покрова, женской половой сферы.
В основе курортного лечения в нашем санатории лежит воздействие на организм такими лечебными факторами, как климатотерапия, за счёт высокого содержания лёгких аэроионов, радоносодержащейминеральной воды, занятий лечебной физкультурой и прогулок отдыха по терренкурам, лечебной грязи и здорового питания.
Особенностью санатория «Катунь» является разработка нового для курорта направления – лечение больных с заболеваниями органов пищеварения. Основным лечебным фактором курортного лечения этой категории больных являются лечебные питьевые минеральные воды. В санатории «Катунь» открыто единственное на курорте гастроэнтерологическое отделение, в т. ч. для долечивания больных, перенесших операции на органах пищеварения.
Аппаратная физиотерапия (магнитотерапия, ультразвук, СМТ, лазеротерапия, КВЧ терапия, электрофорез, ДМВ, СМТ, магнитотерапия общая и местная, гальванизация и др.). Гидротерапия -подводный душ массаж, лечебный душ (Виши, циркулярный, дождевой), жемчужные ванны хвойные, морские, пантогематогеновые ванны, вихревые ванны, ванны с подводным массажем, плавательный бассейн. Бальнеолечение (азотно-кремнистые радонсодержащие ванны, ванна с подводным горизонтальным вытяжением). Грязелечение. Лечебная физкультура, тренажерный зал, терренкуры, маршруты дозированной ходьбы. Психотерапия или аромамузыкотерапия. Ручной массаж. Термотерапия (сауна, бассейн). Аппликационное грязелечение. Комплексы ЛФК в зале, бассейне. Иглорефлексотерапия, мануальная терапия, гирудотерапия, психотерапия, диетотерапия, фитотерапия.